Območje se nahaja v občini Škocjan, na robu naselja Zagrad, ki je gručasta vas v osrčju Krškega gričevja. Leži na terasi na SV pobočju Sv. Tomaža (278m), J nad dolino Goriškega potoka. Po valovitem vinorodnem svetu v okolici so razloženi zaselki Breznik, Rink, Zagraška Gora in Žale. Okoli vasi so njive in travniki, kmetje pa se ukvarjajo predvsem z živinorejo in vinogradništvom (Krajevni leksikon Slovenije, Ljubljana, 1995).
Goriški potok teče po dolinici severno od Zagrada v smeri proti jugovzhodu ter se zahodno od Škocjana izliva v Raduljo.
Zagraški log predstavlja dolino Goriškega potoka, katerega južno pobočje je strmo in gosto zaraščeno z gozdnim in grmovnim rastjem, severni breg pa je položnejši ter večji del v kmetijski rabi kot travnik. Potok je šibkejše vodnatosti, tvori mnoge meandre in teče večji del v senci gozda. V območju je več manjših izvirov. Izviri pod vasjo so obzidani kot napajališče in perišče, nižje se oblikuje mokrišče ter se nato kot studenček izliva v Goriški potok. Na pobočju, severno od Zagraškega loga, sta dva manjša slatinasta izvira. Velikost obravnavanega območja je približno 7,5 ha.